Костел будували одночасно з монастирем для католицьких ченців (тринітаріїв) «Ордена Пресвятої Трійці». Тринітарії після прибуття в Прагу у 1705 р. подали прохання про створення свого конвенту. Отримавши імператорське схвалення, монахи 1708 р. викупили в Празі 4 будинки на території єврейського кладовища, закритого ще в 1478 р. На цьому місці вирішили звести храм. Архітектором вибрали Октавіо Броджі, а головними будівельниками - Криштофа Дінценхофера і Яна Їржі Айхбауера. Основна частина роботи підійшла до завершення в 1712 р. У червні 1713 р. єпископ Данило Йосип Майер провів церковний обряд освячення. Реформами 1783 р. були скасовані конвенція і сама церква Пресвятої Трійці. Лише завдяки протестам віруючих імператор Йосиф II відновив духовний статус храму.
Символіка Трійці проглядається в образі Костелу, починаючи з фасаду, розділеного на три частини (нефи) з трьома вхідними порталами і вікнами над ними. Основний вхід в середньому, головному нефі трохи ширше, на поверх вище і виділяється невеликим ризалітом. Будову вінчає розташований над центральною частиною купол з башточкою, а з боків фасаду височать постаті святих. Над головним входом барельєфний напис 1713 р. нагадує про донаторів (сучасною мовою - спонсорів) костелу.
Праворуч від будівлі, на вулиці, встановлена статуя святого Іоанна Непомуцького 1723 року в сучасній кубістській арці, зліва - статуя святого Юди Тадея 1734 р. Головне надбання і гордість храму - розташовані на стінах безцінні фрески 1778 р. Церковний звід розписував Антонін Шлахтер. Запрестольний образ на вівтарній картині писав Франц Антон Маульберч.
У 1979 р. костел Пресвятої Трійці закрили. Під ним велося будівництво лінії метро, і в зв'язку з підземними роботами стара на той час будівля могла зруйнуватися. Частину начиння і меблів перевезли в сховище, багато було розграбовано.
Після обвалення даху церкви на початку 1990-х років комісія з охорони пам'яток і влада розглядала питання про знесення будови. На радість віруючих і небайдужих городян, храм врятували, а в 1994 р. почалися роботи по реконструкції. Перш відремонтували крокви, дах, відреставрували фасад. Художнім оформленням після відновлення займалися реставратори Славікови. Роботи завершилися у 2004 році, і церкву відкрили для відвідування.
У 2006 році було прийнято рішення костел передати греко-католицькому Апостольському екзархату, щоб створити умови для проведення богослужінь і життя громади. З 2009 р. віруючі з України, Словаччини та інших країн, які проживають в Празі, приходять на служби, збираються на церковні свята. Служби ведуться словацькою та старослов'янською мовами.
The church was built simultaneously with the monastery for Catholic monks (Trinitarians) "Order of the Holy Trinity". After arriving in Prague in 1705, the Trinitarians applied for their own convention. Having received the imperial approval, the monks in 1708 bought 4 houses in Prague on the territory of the Jewish cemetery, closed in 1478. At this place they decided to build a temple. Octavio Broggi was chosen as the architect, and Christoph Dintzenhofer and Jan Jiri Eichbauer were chosen as the main builders. The main part of the work was completed in 1712. In June 1713, Bishop Daniel Joseph Mayer conducted a church consecration ceremony. The reforms of 1783 abolished the convention and the Church of the Holy Trinity itself. Only through the protests of the faithful did Emperor Joseph II restore the spiritual status of the temple.
The symbolism of the Trinity is seen in the image of the Church, starting from the facade, divided into three parts (naves) with three entrance portals and windows above them.
After the roof of the church collapsed in the early 1990s, the commission for the protection of monuments and the authorities considered the demolition of the building. To the delight of believers and concerned citizens, the temple was saved, and in 1994 reconstruction work began. First, the rafters and roof were repaired, and the facade was restored. Slavikov's restorers were engaged in artistic design after restoration. The work was completed in 2004, and the church was opened to the public.
In 2006, it was decided to transfer the church to the Greek Catholic Apostolic Exarchate in order to create conditions for worship and community life. Since 2009, believers from Ukraine, Slovakia and other countries living in Prague have been attending services and gathering for church holidays. Services are conducted in Slovak and Old Slavonic languages.