У 1347 році Карл IV підписав указ про заснування на правому березі Влтави Нового Міста. Костел був першим храмом на цій території. Він був названий на честь короля Генріха ІІ Святого і його дружини Кунгути Люксембурзької. Комплекс, що складався з церкви з дзвіницею, житла священика, парафіяльної школи і кладовища, був зведений у 1348 році. Його урочисте освячення при участі першого празького єпископа Арношта з Пардубіце відбулось у 1351 році. Під час Гуситських воєн костел належав гуситам, потім перейшов під контроль утраквістів, а пізніше був повернутий римо-католицькій церкві.
Тринефна будівля костелу зведена з каменю. Вхід до церкви прикрашає скульптура Яна Непомуцького роботи Михайла Брокофа і статуя св. Іуди Тадеуша роботи невідомого автора - обидві 1709 року. На головному вівтарі зображені покровителі церкви: св. Йіндржіх стоїть на колінах і молиться за долю Праги під час шведської облоги, а св. Кунгута готується встати на розпечений леміш в знак доказу своєї вірності і невинності.
Під час реконструкції в XVIII столітті інтер'єр костелу уособлював бароковий стиль. Він був доповнений роботами видатних чеських майстрів: художників Вацлава Райнера і Карела Шкрета, скульптора Яна Бендля. Наступна значна перебудова відбулася в 1875-1879 роках, коли церква разом з окремою Йіндржішською вежею була реконструйована архітектором Йозефом Мокером.
При цьому були знесені шатрова покрівля і ренесансні частини декору, а кладовище перетворено в парк. Пізніше західну частину костелу доповнили ренесансний нартекс і барокові бічні капели. Сьогоднішній вигляд церкви являє собою результат неоготичних перебудов і реконструкцій XIX-початку XX століття.
Поряд з костелом 25 квітня 2014 року був освячений хачкар на честь вірменсько-чеської дружби. Подарував цей пам’ятник вірменській громаді Чехії і Праги каталікос всіх вірмен Гарегін Другий. Хачкар виготовлений з вірменського туфу.
In 1347, Charles IV signed a decree establishing a new city on the right bank of the Vltava. The church was the first church in this area. It was named after King Henry II the Holy and his wife Kunguta of Luxembourg. The complex, which consisted of a church with a bell tower, a priest's residence, a parish school and a cemetery, was built in 1348. His solemn consecration took place in 1351 with the participation of the first Prague bishop Arnoš t of Pardubice. During the Hussite Wars, the church belonged to the Hussites, then came under the control of the Utraquists, and was later returned to the Roman Catholic Church.
The three-nave church building is built of stone. The entrance to the church is decorated with a sculpture by Jan Nepomuk by Michael Brokoff and a statue of St. Judas Thaddeus works by an unknown author - both in 1709. The main altar depicts the patron saints of the church: St. Jindrich stands on his knees and prays for the fate of Prague during the Swedish siege, and St.
Kunguta is preparing to stand on a hot ploughshare as a sign of proof of his loyalty and innocence.
During the reconstruction in the XVIII century the interior of the church embodied the Baroque style. It was supplemented by works by prominent Czech masters: artists Vaclav Rainer and Karel Š kret, sculptor Jan Bendl. The next significant reconstruction took place in 1875-1879, when the church together with a separate Jindř iš tower was reconstructed by the architect Josef Moker.
At the same time, the tent roof and renaissance parts of the decor were demolished, and the cemetery was turned into a park. Later, the western part of the church was supplemented by a Renaissance narthex and Baroque side chapels. Today's appearance of the church is the result of neo-Gothic reconstructions and reconstructions of the XIX-early XX century.
On April 25.2014, a khachkar was consecrated near the church in honor of the Armenian-Czech friendship.
This monument was presented to the Armenian community of the Czech Republic and Prague by the Catholicos of All Armenians Garegin II. Khachkar is made of Armenian tuff.